ANALISIS MOLEKULER SEKUENS DNA IS6110 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS DI DARAH DENGAN TEKNIK PCR

Authors

  • Ria Khoirunnisa Apriyani Program Studi D3-Teknologi Bank Darah, Fakultas Kesehatan dan Teknik, Universitas Bandung

DOI:

https://doi.org/10.31004/jkt.v5i4.36862

Keywords:

darah, mycobacterium tuberculosis, PCR, sekuen DNA IS6110, TBC

Abstract

TBC merupakan penyakit infeksi Mycobacterium tuberculosis secara kronis, sehingga deteksi cepat berdampak positif pada pengobatannya. Salah satu metode diagnostik molekuler TBC adalah amplifikasi PCR terhadap DNA M.tuberculosis. Melalui metode ini, maka M.tuberculosis penyebab TBC dapat dideteksi dalam waktu <24 jam dan memberikan hasil akurat dengan sensitivitas 55-90% dan spesifitas ±99%. Penelitian dilakukan di Laboratorium Sandia Biotech Diagnostic Centre, Rumah Sakit Santosa Bandung pada Juni-Agustus 2024. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan M.tuberculosis penyebab TBC melalui penanda sekuen DNA IS6110 pada sampel darah dengan teknik PCR sebagai perangkat diagnostik molekuler. Jenis penelitian menggunakan desain deskriptif eksperimental laboratorik. Teknik pengambilan sampel adalah simple random sampling, jumlah populasi 100 spesimen darah suspek TBC. Dari 100 populasi, digunakan 20 sampel darah yang memiliki kemurnian DNA dengan nilai rasio absorbansi (?260nm/?230nm) = 2,0-2,2. Tahapannya meliputi pengambilan sampel darah suspek TBC; isolasi DNA; mengukur kemurnian DNA; amplifikasi PCR pada sekuen DNA sampel, kontrol negatif, dan kontrol positif; dan elektroforesis DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa analisis molekuler sekuen DNA IS6110 pada M.tuberculosis dengan teknik PCR menggunakan primer forward T4 dan primer reverse T5 mampu mengapit, mengenali, dan mengamplifikasi sekuen IS6110 menjadi pita DNA berukuran 123bp pada sampel darah suspek TBC. Dari 20 sampel darah suspek TBC yang diuji, 15 sampel (75%) membentuk sekuen IS6110 menjadi pita DNA berukuran 123bp, dan 5 sampel (25%) tidak menunjukkan terbentuknya sekuen IS6110 menjadi pita DNA 123bp.

References

Amin, I., Idrees, M., Awan, Z., Shahid, M., Afzal, S., and Hussain, A. (2011). ‘PCR Could be a Method of Choice for Identification of Both Pulmonary and Extrapulmonary Tuberculosis’, PubMed, 4, pp. 332-337.

Angelia, A., Doda, D.V.D., and Manampiring, A.E. (2020).’Prevalensi Tuberkulosis Laten dan Evaluasi Kebijakan Rumah Sakit Berdasarkan Persepsi Tenaga Kesehatan terhadap Pencegahan Tuberkulosis’, Jurnal Biomedik (JBM), 12(3), pp. 192-199.

Barcelos, D., Franco, M.F., and Cardoso, S. (2008). ‘Effects of Tissue Handling and Processing Steps on PCR for Detection of Mycobacterium Tuberculosis in Formalin-Fixed Paraffinembedded Samples, Journal of Rev. Inst. Med. Trop. Sao Paulo, 50(6), pp. 321-326.

Caulfield, A.J., and Wengenack, N.L. (2016). ‘Diagnosis of Active Tuberculosis Disease: from Microscopy to Molecular Techniques’, Journal of Clinical Tuberculosis and Other Mycobacterial Diseases, 4, pp. 33–43.

Dewanata, P.A., and Muslih, M. (2021). ‘Differences in DNA Purity Test Using UV-Vis Spectrophotometer and Nanodrop Spectrophotometer in Type 2 Diabetes Mellitus Patients’, Indonesian Journal of Innovation Studies, 15, pp. 1-10.

Eisenach, K.D., Cave, M.D., Bates, J.H., and Crawford, J.T. (1993). PCR Detection of Mycobacterium tuberculosis. United States: ASM Press.

Ghenaat, J., Omidi, A., Ghazvini, K., Ayatollahi, H., Jafarian, A.H., and Erfanian, M. (2007). ‘Comparison of Multiplex PCR and Acid Fast and Auramine-Rhodamine Staining for Detection of Mycobacterium Tuberculosis and Nontuberculosis Mycobacteria in Paraffinembedded Pleural and Bronchial Tissues with Granulomatous Inflammation and Caseous Necrosis’, Journal Microbiol, 4, pp.1-9.

Gomes, L.I., Marques, L. H. D.S., Enk, M. J., De Oliveira, M. C., Coelho P. M. Z., and Rabello, A. (2010). ‘Development and Evaluation of a Sensitive PCR-ELISA System for Detection of Schistosoma Infection in Feces’, Journal of PLoS Neglected Tropical Diseases, 4(4), pp. 664.

Hartiyah, L., Rusmiati, and Santoyo, D.D. (2023). ‘Gambaran Hasil Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler Mycobacterium Tuberculosis di RSUD Ulin Banjarmasin Tahun 2020-2021’, Jurnal Homeostasis, 6(1), pp. 69-76.

Irianti, T., Kuswandi, Yasin, N.M., and Kusumaningtyas. (2016). Anti-Tuberkulosis. Yogyakarta: Grafika Indah.

Jawetz, Melnick and Adelberg. (2013). Mikrobiologi Kedokteran. Jakarta: Selemba Media.

Kabir, S., Uddina, M.K.M., Chistib, M.J., Fannanac, T., Haqued, M.E., Uddine, M.R., Sayera, M., Banua, M.S., and Ahmed, T. (2018). ‘Role of PCR Method Using IS6110 Primer in Detecting Mycobacterium Tuberkulosis among The Clinically Diagnosed Childhood Tuberkulosis Patients at an Urban Hospital in Dhaka Bangladesh’, International Journal of Infectious Disease, 68, pp. 108-114.

Kementerian Kesehatan RI. (2023). Laporan Program Penanggulangan Tuberkulosis Tahun 2022. Jakarta: Kementerian Kesehatan RI.

Kristini, Tri, and Hamidah, R. (2020). ‘Potensi Penularan Tuberculosis Paru pada Anggota Keluarga Penderita’, Jurnal Kesehatan Masyarakat Indonesia, 15(1), pp. 24-31.

Kurniati, A., Dewi, D.N.S.S, and Purwani, N.N. (2019). ‘Rapid and Spesific Detection of Mycobacterium Tuberculosis Using Polymerase Chain Reaction’, Journal of Vocational Health Studies, 03, pp. 83–88.

Kyaw, S.P., Hanthamrongwit, J., Jangpatarapongsa, K., Khaenamd, P., and Leepiyasakulchai, C. (2018). ‘Sensitive Detection of The IS6110 Sequence of Mycobacterium Tuberculosis Complex Based on PCR-Magnetic Bead ELISA’, The Royal Society of Chemistry Journal, 8, pp. 33674-33680.

Li, N., Kairang, J., Bai, Y., and Fu, H. (2020). ‘Tn5 Transposase Applied in Genomics Research’, International Journal of Molecular Sciences, 21(21), pp. 8329.

Makeshkumar, V., Madhavan, R., and Narayanan, S. (2014). ‘Polymerase Chain Reaction Targeting Insertion Sequence for The Diagnosis of Extrapulmonary Tuberculosis’, Indian Journal of Medic Res., 139(1), pp. 161.

McNerney, R., Maeurer, M.I., and Abubakar. (2012). ‘Tuberculosis Diagnostics and Biomarkers: Needs, Challenges, Recent Advances, and Opportunities’, Journal Infectious Disease, 205(2), pp. 147–158.

Nurhalisah, Suarnianti, and Restika, I. (2023). ‘Analisis Disparitas Prevalensi Tuberculosis Paru di Tinjau dari Faktor Sosiodemografi’, Jurnal Ilmiah Mahasiswa & Penelitian Keperawatan, 3(3), pp. 112-120.

Osman, A.L., Saeed, N. S., and Elhassan, M. M. (2014). ‘Polymerase Chain Reaction Targeting Insertion Sequence IS6110 for The Diagnosis of Pulmonary Tuberculosis among Sudanese Children and Young Adults’, International Journal of Mycobact., 3(4), pp. 252–258.

Pan, X.B., Wei, L., Han, J.C., and Gao, Y. (2008). ‘Cellular Chromosome DNA Interferes with Fluorescence Quantitative Real-Time PCR Detection of HBV DNA in Culture Medium’, Journal of Med. Virol, 80(1), pp. 47–52.

Rubio-Cosials, A., Schulz, E.C., Lambertsen, L., Bebel, A., Bork, P., and Barabas, O. (2018). Transposase-DNA Complex Structures Reveal Mechanisms for Conjugative Transposition of Antibiotic Resistance. Netherland: Cell Press.

Rezeki, M., Parwati, I., Hernowo, B.S., and Tjandrawati, A. (2014). ‘Validitas Multiplex Real Time Polymerase Chain Reaction untuk Diagnosis Limfadenitis Tuberkulosis pada Spesimen Blok Parafin’, Jurnal Majalah Kedokteran Bandung, 46(3), pp. 162-167.

Samosir. (2020). Analisis Deteksi Molekuler Tuberkulosis dari Sampel Urin Menggunakan PCR Multipleks dengan Deteksi Gen ESAT6, IS6110, dan MPT64. Skripsi. Depok: Universitas Indonesia.

Sani K., and Fathnur. (2016). Metodologi Penelitian Farmasi Komunitas dan Eksperimental. Yogyakarta: Deepublish.

Singh, H.B., Singh, P., Jadaun, G.P.S., Srivastava, K., Sharma, V.D., and Chauhan, D.S. (2006). ‘Simultaneous Use of Two PCR Systems Targeting IS6110 and MPB64 for Confirmation of Diagnosis of Tuberculous Lymphadenitis’, Journal of Communicable Disease, 38(3), pp. 274-279.

Sophian, A., and Yustina. (2022). ‘Analisis Nilai Kemurnian DNA Menggunakan Nano Fotometer pada Rasio 260/230 yang Diisolasi dari Produk Nugget’, Muhammadiyah Journal of Nutrition and Food Sciences, 3(2), pp. 82-86.

Sugiyono. (2019). Metode Penelitian Kuantitatif, Kualitatif dan RND. Bandung: Alfabeta.

Umaya, E.R. (2022). Deteksi Molekuler Tuberkulosis Ekstra-Paru Gastrointestinal Menggunakan TaqMan qPCR dengan Gen Deteksi IS6110. Skripsi. Depok: Universitas Indonesia.

Downloads

Published

2024-12-20